A excepción de las aves, existe poca información sobre los grupos de vertebrados presentes en el Parque Nacional Los Glaciares. La mayoría de las publicaciones consultadas se refieren a la fauna de la región sin incluir datos precisos sobre la presencia de especies en el Parque.

Algunas de las aves típicas son el chingolo, el comesebo patagónico, el fiofío silbón, la cachaña, el carpintero negro patagónico, el picaflor de corona granate, el majestuoso cóndor el águila mora y el halconcito colorado.

En los ambientes acuáticos se encuentra una gran diversidad de aves, que incluye cisnes cuello negro y patos como el zambullidor grande y el de los torrentes.

Estancia Cristina es una zona donde se cree que hay Huemules. Este cérvido, propio del bosque Andino Patagónico, se encuentra en peligro de extinción. Corrido por la ganadería y la falta de cuidado hoy es difícil de ver y por eso las leyes lo protegen.

Dado que la zona de la estancia estuvo poco poblada por durante años, y con una explotación mínima, se cree que pueden haber Huemules en el cañadón del Norte.